Stowarzyszenie Hydrografów Morskich RP powołano na I Ogólnopolskim Zjeździe Hydrografów Morskich RP, w dniu Światowego Dnia Hydrografii – 21 czerwca 2006 roku, w 85 rocznicę powstania pierwszej międzynarodowej organizacji, zajmującej się sprawami hydrografii morskiej.
Stowarzyszenie powołało 32 członków założycieli, posiadających uprawnienia zawodowe do wykonywania prac hydrograficznych, wywodzących się z niemal wszystkich instytucji i podmiotów gospodarczych, zajmujących się sprawami hydrografii morskiej (m.in. z Urzędów Morskich w Gdyni i Szczecinie, Biura Hydrograficznego Marynarki Wojennej, Akademii Marynarki Wojennej im. Bohaterów Westerplatte w Gdyni, Akademii Morskiej w Szczecinie, Zarządu Portu Gdańsk, firmy Echogram s.c. i in.). W dniu 25 października 2006 roku Stowarzyszenie Hydrografów Morskich RP zostało zarejestrowane i wpisane do Krajowego Rejestru Sądowego.
1. rozwijanie i propagowanie inicjatyw, postaw i działań sprzyjających ochronie interesów ekonomicznych, socjalnych i kulturalnych członków Stowarzyszenia;
2. wytwarzanie atmosfery zaufania i szacunku do osób związanych z wykonywaniem prac hydrograficznych i kartograficznych;
3. upowszechnianie wiedzy z zakresu hydrografii i kartografii morskiej a także działalności krajowych i międzynarodowych instytucji (służb) hydrograficznych;
4. dążenie do podnoszenia kwalifikacji zawodowych członków Stowarzyszenia i oddziaływanie w tym kierunku na inne osoby i instytucje, zajmujące się kształceniem zawodowym w dziedzinie wykonywania prac hydrograficznych;
5. reprezentowanie członków Stowarzyszenia oraz przedstawianie ich opinii, potrzeb, interesów i uprawnień wobec społeczeństwa i władz.